پرداخت هزینه و دریافت فایل

moltemplate یک ابزار  قدرتمند در داخل لمپس است که برای تولید دیتا فایل و اینپوت فایل برای سیستمهای ساده و پیچیده استفاده می شود. شما می توانید با این ایزار شبیه سازی های all-atom , united-atom و coarse-grain انجام دهید. همچنین می توانید از فورس فیلدهای مختلفی استفاده کنید. ما در این آموزش نحوه نصب و بکارگیری این ابزار برای تولید دیتا فایل و اینپوت فایل برای سیستمی که حاوی ۱۰۰۰ مولکول متان است ...

این فایل یک برنامه ++C است که می تواند یگ گرافن که دارای یک Grain Boundary است با زاویه 32.2 درجه تولید کند. این زاویه مربوط به جهت گیری دو تا گرافن در دو طرف Graain Boundary است. این گرین باندری دارای حلقه های ۵ و ۷ ضلعی است که پشت سر هم قرار گرفتند(طبق شکل). این فایل می تواند حداکثر یک گرافن با ابعاد 50 نانومتر در 50 نانومتر بسازد. تاریخ انتشار :‌ 1 اردیبهشت 96 ...

در این اموزش یک مایع لنارد جونز را در دو بعد شبیه سازی کردیم و  در آن MSD و همچنین ضریب دیفیوژن را به دو روش محاسبه کردیم. یکی از روشها محاسبه ضریب دیفیوژن از طریق شیب MSD و دیگری از طریق محاسبه تابع همبستگی سرعت و انتگرال گیری از آن است. شما در این آموزش با fix vector  و همچنین با انتگرال گیری در LAMMPS آشنا می شوید. تاریخ انتشار :  ۳۱ فروردین 96 ...

در این آموزش نحوه ایجاد یک کامپوزیت شامل آلومینیوم و فلورین (C60) را بررسی و شبیه سازی می کنیم. پتانسیل های مورد استفاده شده برای مدل کردن برهمکنش ها ترسوف، morse و eam می باشد. نحوه ساخت دیتا فایل بصورت گام به گام توضیح داده شده است. تاریخ انتشار 30 فروردین 96 ...

(سطح پیشرفته آموزش) - در این شبیه سازی شما یاد خواهید گرفت چگونه فرمولها را بصورت متغیر variable بنویسید و بتوانید شار گرمایی شعاعی را از روی ترکیب متغیرها بدست آورید. یک راهنمایی عالی برای محاسبه ضریب هدایت گرمایی و پروفایل دمایی شعاعی انجام خواهد شد. این یک آموزش پیشرفته است و برای کسانی توصیه می شود که قبلا هدایت گرمایی کار کرده و یا با لمپس تجربه شبیه سازی داشته باشند. ...

یک برنامه ++C در اختیار شما قرار می گیرد که می توانید مولکول گرافان Graphane را تولید کنید. مولکول گرافان همان گرافن است با این تفاوت که همه کربن ها به هیدروژن وصل هستند. هیدروژنها بصورت یک در میان بالا و پایین صفحه قرار دارند. تاریخ انتشار  29 فروردین 96 ...

در این شبیه سازی یک عدد پلیمر نایلون را فورس فیلد CVFF شبیه سازی خواهیم کرد. همچنین یک جعبه مولکول Decane را با فورس فیلد OPLS-AA شبیه سازی می کنیم. شما در این آموزش با یک ابزار مهم مربوط به لمپس با عنوان msi2lmp آشنا می شوید که امکان شبیه سازی با فورس فیلدهای دیگر نظیر CFF91 ،clayFF  ، compass  و همچنین pcFF، opls-aa و CVFF را دارد. این آموزش خیلی بدرد بخور و مهم است. تاریخ انتشار 29 فر ...

در این آموزش یک مثال از شبیه سازی آب و یک مثال از شبیه سازی گرافن را در نظر می گیریم و نحوه محاسبه RDF یا همان g(r)  (تابع توزیع شعاعی) را توضیح خواهیم داد. سپس نحوه میانگین گیری را نیز توضیح خواهیم داد. تاریخ انتشار: ۲۸ فروردین 96 ...

در این آموزش، شما با grain boundary آشنا می شوید و همچنین یک فایل به زبان ++C در اختیار شما قرار میگیرد تا بتوانید با آن دیتا فایل گرافن با grain boundary با ابعاد حداکثر 110 نانومتر ایجاد کنید. شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار LAMMPS و بدون محاسبه کمیتی پایان می پذیرد. مدت زمان 22 دقیقه است. این آموزش در لینوکس انجام شده است. زمان انتشار  28 فروردین  96 ...

در این آموزش مروری بر نحوه استفاده از  Mail List لمپس خواهیم داشت. چگونه سوالات خود را از نویسندگان لمپس بپرسیم و جواب بگیریم. ...

همانطور که میدانید نرم افزار vmd گرافن با کایرالیتی آرمچیر و زیگزاگ تولید می کند ولی سایر کایرالیتی ها را تولید نمیکند. به همراه این آموزش به شما یک فایل cpp داده می شود که وظیفه این برنامه تولید یک صفحه گرافن با کایرالیتی دلخواه می باشد. نحوه استفاده از این فایل به شما در مدت ۲۰ دقیقه توضیح داده شده است. نتیجه این برنامه یک فایل خرجی هست که شما می توانید از آن در برنامه های شبیه سازی استفاده کنید ...

(آشنایی با LAMMPS) در این آموزش یک نانولوله کربنی در داخل آب با مدل TIP3P قرار گرفته است و این سیستم به کمک نرم افزار لمپس شبیه سازی شده است. نحوه شبیه سازی گام به گام گفته شده است. در این شبیه سازی از پتانسیل ترکیبی Hybrid استفاده شده است. زمان آموزش ۱ ساعت بوده و تمامی فایلها نیز همراه آموزش تقدیم خواهد شد. این شبیه سازی در سیستم عامل لینوکس ubuntu انجام شده است. ...

(آموزش LAMMPS) در این شبیه سازی دینامیک مولکولی شما خواهید دید که چگونه مدول یانگ (Young's Modulus) جسم حجیم آلومینیوم (Bulk) محاسبه می شود. این روش می تواند برای عناصر دیگر هم کاربرد داشته باشد. آنسامبل مورد استفاده NVT می باشد. دمای سیستم با استفاده از ترموستات نوز-هوفر روی ۳۰۰ کلوین نگه داشته شده است. مدت آموزش ۴۲ دقیقه می باشد. تاریخ انتشار ۹۵/۴/۱۰ ...

(آموزش LAMMPS) در این آموزش تصویری عنصر آلومینیوم در یک شبکه با ثابت شبکه دلخواه شبیه سازی می شود. سپس با استفاده از دستورات minimize  و fix   box/relax انرژی سیستم را به کمینه حالت می رسانیم سپس ثابت شبکه Lattice Constant و انرژی بستگی Cohesive Energy را بدست می آوریم. مدت آموزش در حدود ۳۵ دقیقه است. تاریخ انتشار ۹۵/۳/۳۱ ...

(آموزش LAMMPS) در این آموزش تصویری یک نانولوله کربنی (SWCN) تحت کرنش (Strain) قرار می گیرد و سپس ضریب هدایت گرمایی Thermal Conductivity را برای نانولوله کربنی محاسبه می کنیم. نتیجه این شبیه سازی با حالت بدون کرنش مقایسه می شود. این عمل در فرآیند تنظیم کردن Tuning ضریب هدایت گرمایی کاربرد دارد. با این روش می توانید کرنش را به دلخواه تغییر داده و  مقدار ضریب هدایت گرمایی را به مقدار دلخواه برسا ...

در این آموزش شما با رسم نمودار با نرم افزار آزاد QtiPlotدر محیط لینوکس ابونتو ubuntu آشنا می شوید. شما یاد خواهید گرفت که چگونه قسمتهای مختلف نمودار را طبق سلیقه خودتان تغییر بدید. شما با این نرم افزار عکس های باکیفیت و با حجم پایین را به فرمتهای مختلف می توانید ذخیره کنید و برای پایان نامه و مقاله از آن استفاده کنید. تاریخ انتشار ۹۵/۳/۲۴ ...

(آموزش LAMMPS) در این آموزش تصویری شما با مفهوم تابع همبستگی آشنا می شوید. همانطور که می دانید تابع همبستگی در محاسبه کمیت های مختلف نظیر thermal conductivity , shear viscosity , diffusivity و همچنین در محاسبه طیف فونونی بکار می رود. بعد از محاسبه تابع همبستگی سرعت از آن تبدیل فوریه گرفته و طیف فونونی را برای سیستم گرافن بدست می آوریم. این آموزش در محیط لینوکس ابونتو ۱۶.۰۴ تهیه شده است. مدت آموزش ...

(آموزش lammps) بعضی مواقع نیاز است برنامه های لمپس LAMMPS بصورت متوالی اجرا شوند. مثلا می خواهید برنامه ی شما اگر نصف شب تمام شد بدون اینکه نیاز باشد شما از خواب بیدار شوید و برنامه بعدی را اجرا قرار دهید بصورت خودکار برنامه بعدی اجرا شود. در این صورت زمان شما برای اجرای برنامه تلف نخواهد شد. یا یک مثال دیگه! فرض کنید ۵۰ تا برنامه دارید که در عرض یک هفته قرار هست اجرا شوند و شما میخواهید در عرض ای ...

(آموزش lammps)  در این آموزش تصویری کریستالهای مایع (Liquid Crystal) را بصورت ذرات بیضی گون شبیه سازی می کنیم. مفاهیم درشت دانه سازی (coarse-graining) را بیان کرده و کاربرد کریستالهای مایع و فازهای مربوط به آنها را بیان می کنیم. شبیه سازی در ۲ بعد و سه بعد بیان شده که بصورت خط به خط توضیح داده می شود. زمان اموزش ۴۵ دقیقه و حجم آن ۸۰ مگابایت هست. تاریخ انتشار ۹۵/۲/۲۵ ...

(آموزش lammps) در این آموزش تصویری عمل آلایش کردن (Doping) گرافن را با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی شبیه سازی می کنیم. شما یاد خواهید گرفت که چگونه اتم نیتروژن و بور را بصورت درصدی و در نواحی دلخواه روی گرافن آلایش کنید. عمل آلایش کردن باعث می شود خصوصیات ترمودینامیکی و مکانیکی گرافن تغییر کند. در واقع با این عمل خصوصیات گرافن تنظیم می شود. در مدت زمان ۲۲ دقیقه ای ...

 (آموزش لینوکس ابونتو ubuntu) از آنجایی که محیط لینوکس برای برنامه نویسان و کسانی که شبیه سازی می کنند مناسب است و نیاز است با این محیط آشنا شوند این آموزش را تهیه نمودیم.  در این آموزش با دستورات پایه ای ترمینال آشنا می شوید و می توانید با ان شروع به کار در محیط لینوکس ابونتو کنید. مدت زمان آموزش یک ساعت است. همچنین در انتهای ویدیو توضیح داده شده که چگونه بتوانید لینوکس ابونتو را ن ...

در این آموزش به تهیه و درست کردن تصاویر با کیفیت با نرم افزار VMD می پردازیم. نانوسیم سیلیکونی و گرافن سیستمهایی هستند که به آنها خواهیم پرداخت. این تصاویر می توانند در مقاله ها استفاده شوند. همچنین روش تولید فیلم را خواهیم گفت. این فیلم ها می تواند در ارایه ها بکار گرفته شوند. حجم فایل 180 مگابایت می باشد. دوفیلم مجموعا ۷۰ دقیقه می باشد.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است. تار ...

فایلهای PDB در خیلی از شبیه سازیها می تواند استفاده شود. فایل PDB تعدادی از مولکولها در اینترنت وجود دارد که شما می توانید براحتی تهیه نمایید. در این آموزش طریقه درست کردن فایلهای PDB برای یک مولکول دلخواه را با استفاده از نرم افزار material studio ارایه شده است. در اینجا ساختار را به شکل خیلی ساده نقاشی میکنیم و سپس با استفاده از میدان نیروی مناسب (Force Field)  ساختار رو بهین ...

(آموزش lammps) در این آموزش تصویری یک نانولوله بور-نیتروژن (boron-nitride nanotube) را با نرم افزار لمپس (LAMMPS) شبیه سازی خواهیم کرد و در ادامه هم هدایت گرمایی آن را محاسبه خواهیم کرد. طول نانولوله ۲۰ نانومتر و اندیس آن (۱۰و۱۰) می باشد. پتانسیل مورد استفاده ترسوف (Tersoff) خواهد بود. نحوه ایجاد دیتا فایل و فایل ورودی را آموزش داده و همراه فیلم تقدیم خواهد شد. تاریخ انتشار ۹۵/۲/۵ ...

(آموزش lammps) در این آموزش شما یاد خواهید گرفت چگونه آب را با مدل هایی که لمپس (LAMMPS) پشتیبانی می کند شبیه سازی کنید. شبیه سازی سیستم های زیستی نیازمند داشتن مهارت شبیه سازی مولکول آب است چرا که در این سیستمها همیشه مولکول آب وجود دارد. بیش از ۲۵ مدل آب وجود دارد که تنها ۳ مدل TIP3P , TIP4P , SPC در لمپس پشتیبانی می شوند. به ساده ترین روش و بصورت گام به گام این مدل ها توضیح داده می شوند. ت ...

(آموزش lammps) هف از این شبیه سازی ساختن دیتا فایل نسبتا پیچیده شامل مس و آب است و همچنین محاسبه یک کمیت مانند ظرفیت گرمایی می باشد. در این شبیه سازی یک نانوسیال که حاوی نانوذره مس و آب می باشد شبیه سازی شده و ظرفیت گرمایی ویژه در حجم ثابت این سیستم محاسبه شده است. بخش عمده این شبیه سازی درست کردن دیتا فایل مربوط به آب و نانوذره است که تکنیک خاص خود را دارد و ما در اینجا بصورت گام به گام در مدت یک ...

(آموزش lammps) در این آموزش یک گرافن (Graphene) با ابعاد ۱۰ نانومتر در ۱۰ نانومتر با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) شبیه سازی شده است. برای مدل کردن برهمکنش بین اتمی از پتانسیل ترسوف (Tersoff) استفاده کرده ایم. در این شبیه سازی به سه حالت انتشار ترک را بررسی کرده ایم. در اینجا کمیتی مورد محاسبه قرار نگرفته است و فقط فایل های ورودی و دیتا ساخته شده و دستوراتی را اضافه کرده ایم تا ترک را در ...

(آموزش lammps) در این آموزش با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) یک نانوسیم سیلیکونی (Silicon Nanowire) با طول ۱۰۰ آنگسترم و شعاع ۱۰ آنگسترم شبیه سازی شده است. پتانسیل بین اتمی اتمهای سیلیکون با stillinger weber مدل شده است. این پتانسیل نسبت به پتانسیل ترسوف دارای محاسبات کمتری می باشد و در نتیجه سرعت شبیه سازی بالا می رود. در ادامه شبیه سازی سعی کرده ایم به نانوسیم مورد نظر یک تنش وارد ...

(آموزش lammps) در این شبیه سازی که با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) انجام شده یک فلورین (C60) در داخل یک نانولوله کربنی (Carbon Nanotube) قرار گرفته و با آن برهمکنش می کند.  فلورین در داخل نانولوله دایما در حال نوسان است. فلورین می خواهد از نانولوله خارج شود ولی نانولوله اجازه نمی دهد. در واقع یک سد انرژی در دهانه نانولوله باعث می شود فلورین در داخل نانولوله باقی می ماند. شبیه سازی در مح ...

(آموزش lammps) در این آموزش آشنایی مقدماتی با شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) پیدا می کنید. با استفاده از شبیه سازی گاز آرگون سعی کردیم نحوه استفاده از راهنمای خود لمپس را آموزش داده و همچنین بصورت دقیق به دستورات موجود در این شبیه سازی بپردازیم و آن ها را توضیح دهیم. این شبیه سازی برای کسانی که می خواهند با لمپس آشنا شوند توصیه می شود. فایل شبیه سازی در کنار آ ...

(آموزش lammps) در این آموزش  شبیه سازی گرافن (graphene) را با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی غیر تعادلی (nonequilibrium molecular dynamics) مشاهده خواهید کرد. در ادامه به محاسبه هدایت گرمایی (thermal conductivity)  خواهیم پرداخت. این آموزش گام به گام بوده به نحوی که شما قادر خواهید بود هدایت گرمایی (thermal conductivity) را حساب کنید. تمامی فایل ها همراه آموزش داده م ...

(آموزش lammps) در این آموزش شما یاد خواهید گرفت که چگونه نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی لمپس (LAMMPS) را هم بصورت موازی (Parallel) و هم سریال (serial) در محیط لینوکس ubuntu نصب کنید. دو روش برای شما ذکر خواهد شد که شما را قادر می سازد به آسانی این نرم افزار را رسم کنید و برنامه های خود را اجرا کنید. یک مثال هم در این آموزش بصورت موازی و هم بصورت سریال اجرا خواهد شد. کیفیت فیلم HD است. دو ...

(آموزش lammps) در این آموزش مولکول DNA را به روش دینامیک مولکولی در داخل آب و یون شبیه سازی کردیم. در مورد مولکول دی ان آ توضیحاتی داده ایم. نحوه تولید دیتا فایل و فایل ورودی گام به گام توضیح داده شده است. در آخر سر از برنامه اجرا گرفته و با استفاده از VMD آن را نمایش داده ایم. میدان نیرو چارم (Force Field CHARMM) در این شبیه سازی استفاده  شده است. مدل آب نیز TIP3P می باشد. طول فیلم ۵۰ دقیقه ...

(آموزش lammps) در این شبیه سازی یک نانولوله کربنی با استفاده از نرم افزار vmd ساخته می شود و از روی آن دیتا فایل ایجاد می گردد. پتانسیل مورد نظر برای مدل کردن بر هم کنش بین اتمهای کربن ترسوف (Tersoff) می باشد. طول فیم ۲۱ دقیقه و به فرمت mp4 است. کیفیت فیلم HD است.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است.  تاریخ انتشار ۱۵ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آموزش lammps) در این آموزش سعی شده است به روش ساده و گام به گام غشای سلولی را به روش دینامیک مولکولی شبیه سازی کرده و آن را اجرا کنیم. نرم افزار مورد استفاده لمپس (LAMMPS) می باشد. فایلهای مورد نیاز همراه آموزش قرار داده شده اند. طول فیلم ۱۶ دقیقه و حجم آم ۱۴۰ مگابایت و به فرمت mp4 است. آموزش در محیط لینوکس ubuntu می باشد. تاریخ انتشار ۱۴ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آموزش lammps) در این آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با میدان نیروی charmm27 توضیح داده شده است. هدف از این شبیه سازی تولید دیتافایل و فایل ورودی برای شبیه سازی است. گام به گام و به زبان ساده توضیح داده شده است. همه فایلهای مورد نیاز برای این شبیه سازی در اختیار شما قرار میگیرد. حجم فایل در حدود ۲۰۰ مگابایت و مجموع طول ۲ فیلم (هم شبیه سازی پروتئین و هم شبیه سازی آب) ۴۳ دقیق ...

این آموزش که بصورت فایل pdf و در ۶ صفحه تنظیم شده است کار با نرم افزار BioVEC در محیط ویندوز را شرح داده است. شما می توانید نتایج شبیه سازیهای دینامیک مولکولی ذرات دیسک گونه - ذرات کروی - ذرات بیضی گون را نمایش دهید. نتایج شبیه سازیهایی نظیر کریستالهای مایع و درشت دانه نیز قابل نمایش است. پیوند بین ذرات در صورت وجود را نمایش داده و می توان ذرات با قطرهای مختلف را با رنگهای مختلف به نمایش درآو ...

برای ایجاد پیکربندی اولیه در شبیه سازی مولکولی نیاز به نرم افزار پکمول (Packmol) دارید. این نرم افزار مولکولهای شما را به تعداد دلخواه و با چگالی معین در جعبه شبیه سازی شما قرار می دهد. این آموزش در محیط لینوکس ubuntu بوده و مدت آن ۲۱ دقیقه و حجم آن ۷۲ مگابایت است. فرمت فایل mp4 می باشد. تاریخ انتشار: ۶ فروردین ۱۳۹۵ ...

در این آموزش نحوه دانلود و نصب نرم افزار VMD روی سیستم عامل لینوکس ubuntu به زبان ساده توضیح داده می شود. آموزش به زبان فارسی است. فایل ویدیویی 14 مگابایت حجم دارد و مدت زمان آموزش نیز در حدود 4 دقیقه می باشد. همچنین فرمت ویدیو mp4 است. تاریخ انتشار: ۵ فروردین 1395 ...

  آموزش صفر تا صد Java (مفاهیم پایه تا شی گرایی)      جاوا  یک زبان برنامه‌نویسیِ شیءگرا است . نخستین بار توسط جیمز گاسلینگ در شرکت سان مایکروسیستمز ایجاد گردید . در سال ۱۹۹۵ به عنوان بخشی از سکوی جاوا منتشر شد . زبان جاوا شبیه به ++C است اما مدل شیءگرایی آسان‌تری دارد و از قابل ...